Sertifikacioni proces za HACCP je sličan svim drugim sertifikacionim šemama. Kada je HACCP sistem potpuno dokumentovan i operativan najmanje 3 meseca može se pristupiti sertifikaciji. Važno je napomenuti da sam plan implementacije sprovodi konsultantska kuća u saradnji sa zainteresovanim klijentom.
Ovaj proces je podeljen u 5 koraka:
- Priprema HACCP
- Pravljenje studije i analiza HACCP plana.
- Implementacija HACCP plana
- Sertifikovanje HACCP sistema
- Održavanje i praćenje HACCP sistema